L'histoire se situe peu après le film Avatar, sur la planète bio-luminescente appelée Pandora. Du haut de leurs trois mètres, les Na'vis, indigènes peuplant l'étrange planète, se sont maintenant acclimatés à les présence des hommes. Seul le respect de ces derniers pour le peuple vivant dans la forêt et le serment qu'ils ont fait de ne jamais rejouer la scène passée, font que les Na'vis acceptent les humains sur leur planète. Jake Sully est maintenant à la tête du clan Omaticaya, depuis la mort du père de Neytiri, et a pour but, encore et toujours, de rétablir une paix totale entre les humains et les Na'vis. Cependant, l'arrivée d'un nouveau clan, les Tsahicas, va changer le cours des choses. Alors que les tensions entre les différents peuples disparaissent peu à peu, les nouveaux venus vont venir bouleverser l'ordre établi. Froids et manipulateurs, leur but est tout simplement de s'approprier le territoire des Omaticayas, pour étendre le leur. Malheureusement pour eux, ils ne sont pas aussi fins qu'ils ne le pensent, et leur amabilité de façade a tôt fait d'être découverte par les Na'vis, à qui rien n'échappe. Ces derniers ne conçoivent pas qu'un peuple identique au leur puisse être à ce point différent et n'avoir d'autres idées en tête que celles de la destruction et de la manipulation. Les humains sont donc partagés entre les Na'vis, qui, malgré leur découverte que la véritable nature des Tsahicas, ne veulent pas les chasser, et leurs idées de guerre afin de repousser la menace qui pourrait une nouvelle fois déstabiliser la fragile planète. Les tensions entre les trois peuples sont donc palpables, et chacun attend une faute assez importante de l'autre pour sonner l'attaque. Dans une Pandora transformée, quel camp rallierez-vous ?